Vimperk byl ve středověku šumavské regionální tržní centrum, ležící na jedné z větví tzv. Zlaté stezky. Gotické počátky výstavby kostela jsou dějepisci umění datovány do druhé poloviny 14. století. K velké přestavbě došlo v roce kolem roku 1500, kdy byla loď změněna na asymetrické dvoulodí a zaklenuta. Ze severní strany byla připojena kaple sv. Anny. V roce 1574 byl kostel opraven, vložena kruchta a v roce 1600 přistavěna věž. Kostel byl upraven v 19.století.
Předstihový archeologický průzkum byl vyvolán záměrem stavebních úprav - sanace a odvlhčení severní, západní a jižní zdi kostela. Cílem archeologického výzkumu bylo provést na vhodných místech sondáž a zdokumentovat vrstvy, těsně přiléhající k jednotlivým zdem.
Obecné poznatky o archeologickém charakteru sondovaného místa jsou velmi zajímavé. Především je zde absence jakýchkoliv zlomků lidských kostí, což je u kostelů středověkého původu neobvyklé. Příčin může být několik. Především je pravděpodobné, že jako pohřební prostor sloužit ve středověku kostel sv. Bartoloměje v podhradí hradu Vimperk. Druhou příčinou je konfigurace podloží. Nebylo zřejmě únosné zasekávat hroby do skalního tělesa. Další příčinou absence lidských pozůstatků je zřejmě omezený prostor městečka, jehož půdorys byl vyměřen na skalní ostrožně a kde nebylo dostatek místa k pohřbívání.
Kostelní loď prošla komplikovaným vývojem, což je patrné při pohledu na osovou asymetričnost. Absence nálezů pravěké nebo raně středověké keramiky naznačuje, že prostor kostela nebyl osídlen v pravěku ani raném středověku. Toto nepřímé pozorování je zvláště důležité při posuzování dějin osídlení Vimperka, který leží přesně na hranici pravěké a raně středověké kulturní krajiny směrem do vnitrozemí a nedotčené šumavské krajiny, kolonizované až od 14. století.